上条的漫长暑假终于结束，新的学期就此开始，寄住在小萌老师家的姬神秋沙，以转学生的身分进入上条的班级。另一方面，负责看家的茵蒂克丝，察觉到上条没为她准备午餐的事实而来到学校，却被小萌老师赶了出去，即使因为迷路而进入食堂，茵蒂克丝也因为不会买食堂的餐券。后来一名神秘少女──风斩冰华出现在她的面前。
放学之后，上条、茵蒂克丝与风斩一起前往地下街。三人一起吃饭一起玩，茵蒂克丝与风斩还换上《魔法少女加奈美》的衣服拍照，可说是玩得相当开心，不过担任风纪委员的少女却叫住了他们，表示由于要逮捕入侵学园都市的恐怖份子，地下街即将暂时封锁。三人依照指示移动的时候，发现墙壁上居然有一颗眼睛。
地下街陷入混乱的局面。与上条分头行动的风斩，遇见了潜入学园都市的魔法师雪莉．克伦威尔召唤的石巨人。在千钧一发之际，从小萌老师口中得知风斩秘密的上条赶来了。虽然风斩认为自己不应该与茵蒂克丝在一起，但上条表示“我只是来拯救朋友而已”，并且与警卫们同心协力对付石巨人。
没能打倒上条与风斩的雪莉，将目标改成了茵蒂克丝，上条与风斩则是各自展开保护茵蒂克丝的行动。在地下铁隧道与雪莉对峙的上条，从雪莉的口中得知她战斗的理由之后提出反驳，然而上条的论点却激怒雪莉，使得上条陷入被土石活埋的危机。