这里是英国伦敦，劳拉和史提尔进行着欢乐却有生命危险的吐槽短剧，最新型全自动洗衣机送到“必要之恶教会”的宿舍，使得神裂伤透脑筋，奥索拉等人则是兴致盎然。同一时间，在日本的学园都市，上条因为大霸星祭的惩罚游戏而成为美琴的奴隶，不禁为自己的际遇叹息。美琴想要呱太的手机吊饰，因此上条被迫参加双人方案，此时御坂妹忽然出现，只好陪同寻找她的护目镜，后来又被美琴的姐妹对决波及，抢走护目镜的最后之作又在这时候跑来搅局。在这个时候，一方通行也为了寻找下落不明的最后之作展开行动。
经过一番风波，一方通行找到了最后之作。最后之作玩到不小心跌倒受伤，一方通行只得去药局买护理用品，却有一个黑衣集团挡住去路。“猎犬部队”――学园都市台面下的这个组织，无预警就袭击一方通行，其中还有一名白袍男性，曾经参与一方通行能力开发的研究者――木原数多。木原数多破解一方通行的“矢量操作”将他打倒，并且不知为何宣称要回收最后之作。努力抵抗的一方通行，在这时候才得知最后之作的真正用途。同一时间，某人瘫痪警备员的防卫网，入侵大雨纷纷的学园都市。
茵蒂克丝出现在九死一生的一方通行面前。外人闯入使得木原等人一时疏于防备，一方通行没有放过这个机会，带著茵蒂克丝挟持车辆逃走。为了避免波及他人，一方通行请青蛙医生协助，医生建议他必须以保护最后之作为优先，因此一方通行开始追击木原的部队。另一方面，上条带著前来求救的最后之作，寻找一方通行的下落，两人在“猎犬部队”的追捕之下逃进餐厅，此时出现在他们面前的，是入侵学园都市，瘫痪“警备员”与“猎犬部队”的黄衣女性，罗马正教“神之右席”的魔法师――前方之风。她发现目标上条之后，毫不留情展开攻势。
一方通行将猎犬部队逐渐逼上绝境并且歼灭。查出最后之作本次被抓是基于统括理事会的命令，使得一方通行下定决心与学园都市为敌，为了拯救最后之作不择手段，再度踏入“黑暗”的世界。另一方面，与最后之作分散的上条，在寻找她的时候再度遇见前方之风，原本以为会再度展开激战，前方之风却感受到某种状况，离开现场想要查明原因。为了封锁前方之风的魔法，亚雷斯塔操纵御坂网路，布设虚数学区·五行机关。释放耀眼光芒的某处出现无数翅膀，并且出现巨大“天使”的身影。